מיקרוסקופים סטריאו נמצאים בשימוש נרחב בחיי היומיום, בעיקר בהיבטים הבאים:
מחקר ביולוגי: בתחום הביולוגיה, מיקרוסקופים סטריאו משמשים לצפייה ולחקר את מבנה התא, המורפולוגיה החיידקית ומאפיינים מפורטים של רקמות בעלי חיים וצמחים. לדוגמה, ניתן לראות את המבנה של תאים גדולים יותר כמו תאי אפידרמיס בצל ותאי קצה שורש צמחיים.
מחקר רפואי: בתחום הרפואי, מיקרוסקופים סטריאו משמשים למחקר פתולוגי כדי לעזור לרופאים להתבונן ולאבחון את הסימפטומים והשינויים הפתולוגיים של מחלות. בנוסף, בניתוחים כירורגיים, מיקרוסקופים סטריאו משמשים גם לניתוח קטעי רקמות לשיפור דיוק הניתוח.
מחקר מדעי החקלאות: אגרונומים משתמשים במיקרוסקופים סטריאו כדי לחקור את צמיחת תאי הצמח והשפעות מחלות ומזיקים על צמחים. מיקרוסקופים סטריאו יכולים לצפות ישירות בדגימות אטומות ומתאימים למחקר שונים בתחום החקלאי.
ניטור והערכה סביבתית: מיקרוסקופים סטריאו יכולים לראות אינדיקטורים סביבתיים חשובים כמו התפלגות חלקיקים זעירים של מזהמי מים והתרבות אורגניזמים מזיקים באדמה.
מחקרי מדעי החומרים והנדסה: בתחום מדעי החומרים והנדסה, מיקרוסקופי סטריאו משמשים לבקרת איכות ייצור ולגילוי פגמים במוצר, ולתבוננות במבנה פני השטח וליקויים של חומרים.
זיהוי משפטי ומדעי חינוך: עובדים משפטית משתמשים במיקרוסקופים סטריאו כדי לבחון ראיות פיזיות ולנתח את הייצור וההצגה של מקרי הוראה. בנוסף, מיקרוסקופים סטריאו משמשים לעתים קרובות גם בעבודה מדעית חינוכית כדי לעזור לתלמידים להבין טוב יותר את העולם המיקרוסקופי.
יישומים תעשייתיים: מיקרוסקופים סטריאו נמצאים בשימוש נרחב גם בתעשייה, כמו ריתוך מיקרו -מעגל, תיקון צפייה ואירועים אחרים בהם נדרש מניפולציה עדינה של דגימות. מרחק העבודה הגדול ועומק השדה שלו מאפשרים למפעיל לבצע בקלות מניפולציה עדינה תחת המיקרוסקופ.
